Las especies elegidas para cultivar dependerán de si el huerto ha sido creado para autoconsumo (en cuyo caso dependerá de las preferencias del agricultor) o si es para comercializar (en este caso también dependerá de factores económicos). En todo caso, deberán adaptarse al medio donde se van a cultivar, es decir, deberán ser especies que se adapten adecuadamente al clima y al terreno en el que se van a desarrollar.

Las asociaciones favorables o desfavorables entre distintas especies es otro factor muy importante a la hora de elegir qué especies vamos a cultivar y dónde plantarlas. Se ha comprobado que existen especies que cultivadas junto a otras pueden presentar una mejora en el cultivo mientras que otras especies cultivadas juntas pueden generar rechazo. Esta técnica de asociar especies integra también plantas aromáticas o medicinales, no se limita a especies de cultivo.

La rotación de cultivos consiste en alternar distintos cultivos en una misma zona o parcela a lo largo del tiempo, de forma que han de pasar varios años para plantar un determinado cultivo por segunda vez en la misma parcela.

A la hora de diseñar las rotaciones de cultivo tendremos que tener en cuenta una serie de factores que nos darán las claves para seleccionar la ubicación de los cultivos cada año.